Ваша 1С работает в клиент-серверном режиме на Linux. Так достигается экономия на лицензиях Microsoft. Но некоторые вещи приходится делать необычным путем. Папки на терминальном сервере недоступны с сервера 1С. Поэтому для обмена используется папка на сервере 1С (которая, в свою очередь недоступна с терминального сервера).
Папка для сообщений обмена /home/usr1cv8/omcNNNNN
Настройки обмена для второй рабочей базы следует выгружать на свой Рабочий стол

В настройках необходимо так же указать папку для кэша в обеих базах: /home/usr1cv8/tmp4web_sync1c